新的政府成立了，政治权力掌握在新组成的全国革命指挥委员会手里，该委员会成员包括十几名名复兴党人和4名具有民族主义思想的军官。阿卜杜勒·萨拉姆·阿里夫，这位1958年"七月革命"领导人之一，担任伊拉克总统一职。来自提克里特的复兴党军官贝克尔担任副总统和总理。从一开始，这个新政权就存在着党派争斗。权力、意识形态，以及地区政治派别等等，这些因素都是争斗之源。3月，叙利亚的复兴党人发动了一次政变。随着复兴党人在叙利亚和伊拉克的政府中都占据了一席之地，泛阿拉伯主义的前景似乎变得更加光明了。4月，叙利亚、伊拉克和埃及就合并一事达成共识。然而，没过多久，叙利亚复兴党内部发生了权力斗争，而这个紧张局势又进一步加剧了伊拉克内部的政治分化。

卡西姆政府被推翻时，萨达姆仍然身在开罗，他是从朋友阿卜杜勒·卡里姆·舍克利那里得知这个消息的。两人当时正呆在屋子里。萨达姆准备去冲个澡，这时电话铃响了。舍克利接了电话，然后就大声呼叫萨达姆。萨达姆猛地打开浴室的门，看看发生了什么事。只见舍克利在那里大叫："萨达姆，伊拉克发生了革命！"24

卡西姆被推翻后不到两个星期，萨达姆动身返回伊拉克。回程途中他在大马士革稍作停留，与复兴党创始人以及他的主要政治导师之一米歇尔·阿弗拉克见面。就在起身返回巴格达前夕，萨达姆与萨吉达正式举办了婚礼；新婚照上的萨达姆微笑着坐在新娘边上，新娘皮肤白皙，有着一双乌黑的大眼睛，留一头卷曲的短发。这对夫妇在巴格达的拉西巴卡通区租了一间简陋的房子，萨吉达很快就怀上了他们的第一个孩子，乌代。

随着家庭生活安定下来，萨达姆开始把注意力转向政治。自然而然地，他渐渐向以贝克尔为首的小集团靠拢，因为这位军官也来自于自己的家乡提克里特。萨达姆成了这位副总统派系中的一员，所做的工作与国民警卫队的野蛮屠杀行动有关。但他是否直接参与并实施了这些暴行至今仍然还是一个人们争论不休的问题。一些人称萨达姆负责监督这些行动的实施，而其他一些人认为他亲自折磨并杀死过人。25

然而，共产党并不是唯一一个受到新政权打压的团体，库尔德人很快也遭到迫害。一位军方官员发表了一个讲话："如果哪个村庄或者其附近任何地方出现袭击军队、警察、国民警卫队或者忠于政府的部落的事件，我们就会对这个村庄进行轰炸并摧毁它。"26许多库尔德人村庄被夷为平地，成千上万的平民失去生命。阿里夫在伊拉克历史上被称为"这个国家现代历史上最坚定的反库尔德领导人"，他赞成对库尔德人居住的地区使用凝固汽油弹和化学武器。27

就在新政府残酷压迫反对者的时候，党派斗争开始威胁着政府内部的团结。在入主伊拉克历史上第一个复兴党政府9个月后，阿里夫开始动作，稳固自己的个人权力。贝克尔被软禁在家，当局还批准对萨达姆实施逮捕。萨达姆转入了地下活动。1964年4月，他秘密参加了复兴党在叙利亚的一个会议，阿弗拉克任命他为复兴党在伊拉克的"地区指挥部"负责人。返回巴格达后，萨达姆继续秘密从事政治活动。他与阿卜杜勒·卡里姆·舍克利一起，制定了一个暗杀阿里夫的计划，准备使用简易炸弹袭击总统住所。然而这个计划暴露了，萨达姆躲了起来。伊拉克当局渐渐对暗杀策划者缩紧包围，先后逮捕了舍克利和其他一些与萨达姆关系密切的人。在警方的审讯下，其中一人泄露了萨达姆的藏身之所。警察包围了那栋房子。萨达姆曾经想过拒捕，甚至还用他的手枪开了几枪。然而，在意识到自己势单力孤后，他放弃了抵抗。警察带他上车之前，他整理了一下自己的衣服，把一盒纸烟抓在手里。