轰轰烈烈的日据初期台湾人民抗日武装斗争终于失败了，导致斗争失败的原因，在台湾各地由于天时、地利、人和各方面因素的作用而有所不同，但就其共性来看，大致有以下几个方面。

第一，敌我双方力量对比的悬殊是斗争失败的根本原因。台湾人民反抗日本殖民统治和殖民压迫的斗争，是殖民地人民争取民族解放和人格自由的正义斗争，从长远的历史观点来看前途必然是光明的。但是，在某时某地进行的这种斗争，由于主客观条件的制约，并不一定总是胜利的，相反，却往往由于敌我力量对比过分悬殊而惨遭失败。日本殖民统治初期台湾人民的武装斗争，便是一个典型的事例。19世纪末20世纪初的日本，处于资本主义向帝国主义的转折点上，甲午战争后，日本凭借自中国掠夺的2万万两白银（还有还辽补偿款），迅速发展了国内工商业和金融事业，军事力量也急剧膨胀。在台湾，日本殖民者部署了大批的军队和宪兵、警察，拥有近代化的武器装备及有效的军事训练成果，他们牢牢地控制着台湾地面的主动权。而另一方面，台湾的抗日武装集团属于松散的组织结构，有自发参加的、有临时招募的，他们的武器相当落后，除接受部分内渡清军遗留的装备和从大陆秘密输送的少量武器外，只能用各种原始的武器来与武装到牙齿的敌人战斗。正如日本人曾经惊讶的看到的那样，包围台北的抗日武装集团的装备是何等的简陋不堪："（我们）发现匪徒们枪支并不普及，十之八九手持刀枪（指梭镖）"。许世楷：《日本统治下的台湾》，东京大学出版会，东京，1972，第77页。以这样的武器装备与敌人抗争又缺乏外来支持，来与日本强大的正规化军队对抗，其失败显然是不可避免的。

第二，缺乏统一的指挥和行动是日据初期台湾抗日武装斗争失败的又一重要因素。如前所述，台湾抗日武装斗争的烽火遍及台岛南北，此起彼伏，但是他们之间缺乏协调和统一，各股抗日力量并没有形成有力的抗日铁拳，而是力量分散、四处出击，这就给了日本殖民者以可乘之机，被分而治之、各个击破，导致最后的失败。我们看到，在北部，各抗日武装集团拥有自己的势力范围，詹振所部在大加蚋堡一带，陈秋菊在文山堡一带，简大狮、卢锦春在金包里、淡水和士林一带。在中南部，简义、柯铁占据了铁国山、触口山四周，黄国镇拥有温水溪地方，阮振盘踞十八重溪一带，林少猫雄踞凤山下淡水溪左岸。星火四起，却未能合成燎原之势。日军从容的自北而南，次第剿灭了抗日武装力量。当然，并不是所有抗日武装力量从没合作过，但这种合作显然还处于局部的、偶然的状态之下，譬如1895年末1896年初的台北大起义，就是各路抗日军配合进行的。但他们并没有形成统一的指挥中心，也没有完备的作战配合方案，更没有直接的战斗支持，至多只是约定时间共举而已，这种呼应形式是不够的，它无法给予日本殖民者集中且有力的打击。直至1900年11月黄茂松率领抗日联军对朴仔脚支署的攻击，才是真正意义上的抗日联合行动。遗憾的是，这次行动是在北部及中南部抗日局势急转直下后才发生的，时机已经错过，并且又遭到总督府迅速而残酷的镇压，很快就失败了。日本殖民者对这次台湾抗日武装集团联合抗日重视程度之高，也从一个侧面对抗日力量联合起来的警惕和担心。

第三,后期斗争性质的逐步转化及抗日武装集团与群众的日渐脱离也是导致日据初期抗日武装斗争失败的重要因素之一。日本殖民统治初期台湾的抗日武装斗争，属于世界殖民地民族解放运动的一部分，虽然这一斗争由于时代条件的限制而带有许多明显的传统农民斗争色彩(如黄国镇自称皇帝)。在日据初期台湾人民武装抗日斗争的早期，其反抗和摆脱殖民统治的要求是旗帜鲜明的，在北部，台北大起义提出的口号是"上报国家"、"下救生民"、"同心戮力、恢复乡梓"，使用的是清光绪年号，在名字上冠以清朝授予的勋位，号召人民起来驱逐日本殖民者，回归祖国的怀抱；中部的柯铁在大坪顶上树起的两面大旗上则揭示"奉清征倭"四个大字；南部抗日军宣誓"进攻嘉义，歼灭日本军，以回复清政"。台湾宪兵队编《台湾宪兵队史》，龙溪书舍复刻本，第200页。体现出鲜明的祖国意识。另一方面，一些人也像旧式农民战争那样建立自己的政权与日本殖民者作斗争，譬如简义自称"九千岁"，定年号为"天运"，改大坪顶为铁国山；嘉义东堡的黄国镇亦自号皇帝，定年号为"大靖"。众所周知，日本殖民者侵台初期，曾任意侮辱、屠杀台湾人民，奸淫妇女、掠夺财物，在经济上开征新赋税，发布规则限制采矿业等，给台湾人民带来极大的痛苦和伤害。