首先是言论自由。杰斐逊反对加在人的精神上的任何枷锁，主张精神的绝对自由。因此他也非常重视言论自由。他认为：一个共和政府必须尊重人民的言论自由，并且从法律上加以保障。他强烈地反对政府用暴力的手段压制人民的言论自由，他反对“万马齐喑”的局面。他指出，人们如果没有思想自由及表达思想的自由，人就不过是一架肉的机器，只能靠外力而活动。他主张人民有权利批评政府，不管这个批评对与不对。人民也有权利发牢骚出怨言，政府不应该加以禁止或治罪。他说：在人们的意见变为公开的行动之前，政府不应当干涉意见的表达。“政府的立法权力只能干涉行动，而不能干涉意见。”

为什么一个政府应该保障人民的言论自由呢？他提出以下一系列理由：

第一，在人们中间，意见一致是不可能的。他说：人们意见之不同，“各如其面，是合乎我们的自然法则的，所以应该以同样宽容的态度对待。”第二，言论自由可以使真理胜利，使谬误不致为害。他说：“真理是伟大的，如果让它自由表达出来的话，它总会胜利的，……谬误会失去其危害性，当被允许自由地去反对它的时候。”[85]他相信：人是有理性的，有良知良能，如果享有言论自由和思想自由，就会使真理愈辨愈明。第三，“人民的意志……是任何政府的唯一合法的基础，保护它的自由表述，应该是我们的首要目的”。“我们政府的基础是人民意见，因此首要的任务应该是维持那个权利。”

其次是出版自由。杰斐逊认为出版自由甚至比言论自由更为重要，因为后者只影响少数人，而前者可以影响全国各个角落。[88]他指出，出版自由的益处很多，特别是它可以防止野心家篡夺国家大权。他说：“迄今为止所能发现的最有效的方法，便是出版自由。因此，那些在怕别人研究自己行动的人们首先做的事情，便是禁止出版自由。因此，我确信：打开真理的大门，加强靠理性检验一切事物的习惯，是我们能够加在继承人手中最有效的手铐，以防止他们用他们自己的意志去束缚人民。”他是如此重视出版自由和新闻自由，以致说出这样的话：“假如让我决定我们应该有一个无报纸的政府，还是有一个无政府的报纸，我将毫不踌躇地表示欢迎后者。”

信仰自由也是杰斐逊所关心的问题。他为弗吉尼亚州起草了《宗教自由法案》，并视为一生三大成就之一。他反对教会强制人民的信仰统一，特别强调信仰自由的重要性和必要性，他在《弗吉尼亚记事》中写道：“只有谬误才需要政府的保护，真理自己就可以站得住脚。”7他争取宗教自由的斗争是针对殖民地的宗教压迫的。他在斗争中发表了大量的言论。他认为宗教信仰完全是个人的事，正如婚姻与家庭一样，任何其他人都无权干涉，国家更无权干涉。“万能的上帝把人类的精神创造成自由的，并且表明他的最高旨意，…任何企图利用世俗的刑罚或重担，或利用剥夺公民权利来影响它的企图，结果只会造成虚伪和自私的习惯，…人民的见解是不受政府管理的对象。”8他反对宗教与国家的结合，认为宗教在成为国家的工具时，就成为自由的威胁。在每一个国家和每一个时代，教士总是敌视自由，只要教会和国家编织到同一个结构中去，建立在正义和自由基础之上的共和国就是一个幻想。他关于人民的任何宗教信仰都无损与于他人的观点，发挥了洛克在他的第一部《关于宽容的书简》中所阐明的理论。但是，杰斐逊并没有照搬洛克的理论，而是进一步发展了它。因为洛克反对把宗教自由扩展的天主教徒和无神论者等身上，而杰斐逊则主张任何宗教信仰包括天主教等在内，都享受自由。他说“洛克走的那么远，是一件伟大的事情…但是在他停止不前的地方，我们要继续走下去。”9杰斐逊在为宗教自由作辩护的时候，也同时为言论自由和思想自由作辩护，因为官方宗教压制人民的言论和思想。杰斐逊不仅强调宗教信仰自由，而且认为宗教问题和其他问题一样，自由地讨论是有必要的、有益的。因为理智和自由是防止错误的有效办法。《宗教自由法案》的通过在美国历史上开辟了一个新的自由时代，把国家和教会分开了，并且保证了所有的公民不论种族在信仰上一律自由。实质上，这不仅是一个宗教自由的法案，也是关于人类思想和精神自由的神圣宣言。

美国革命的一个特点之一是革命领袖一般都比较重视教育，这在近代革命领袖中是比较少见的。他们往往把教育与民主政治联系在一起。杰斐逊全面而精辟的分析了这个问题，并提出了独到的见解。

杰斐逊非常关心美国的民主前途。在如何保持民主不变质的问题上考虑的非常周详，发现教育是防止民主变为暴政的有效手段。他研究了欧洲政治发展发现有一个共同趋向，即权力不断的自我膨胀，到一定的程度就超出了人民的控制而导致暴政。为此，他提出了一系列建议和主张以防止美国的这种蜕变。首先主张三权分立，以立法、行政、司法三个权力互相制约。他在为弗吉尼亚起草的宪法草案中就明确规定了此原则。其次，为防止权力膨胀，他还提出国家层层分权的组织原则，这样不致于权力过分集中于中央政府。值得赞叹的是杰斐逊认为以上措施都是治标的。要从根本上堵塞暴政的出现，必须在教育上下功夫，在人的素质的改进上下功夫，因此他提出普遍发展教育的主张来。他要求普及教育，以提高人民的文化知识水平。这个道理在他所提出的《关于进一步普及教育知识的法案》中论述的非常周详。一个国家要真正实现民主管理，必须提高公民的智力意识，而公民智力意识的提高有赖于国民教育的提高。只有重视发展国民教育，提高国民民主意识，才是实现民主政治的重要保障。是否重视国民教育是衡量一个政府好坏的重要标志之一。他把普及教育作为防止民主政府蜕变为独裁政府的有效手段。“假如我们认为人民的智能不足以审慎地行使他们的权利，其补救方法不是剥夺他们的这种权利，而是通过教育启发他们的辨别能力。”